Miejscowość wzmiankowana na początku XVI w. jako osada rycerska strzegąca przeprawy na Bugu. Na jej terenie osiedlali się też Wołosi. W 2. połowie XVIII w. wieś wchodziła w skład dóbr Świerże. W 1873 r. z dóbr Hniszów odsprzedano teren o pow. 367 mórg, na którym założono kolonie Jamne, Marysin i Wesołówka.
Ostatnimi właścicielami majątku Hniszów byli Karpińscy. Po pierwszej wojnie światowej wznieśli oni nowy, drewniany dwór, rozebrany w 1957 r. Z majątku zachowały się pozostałości założenia dworsko-ogrodowego z jednym z najokazalszych w Polsce dębów szypułkowych dębem Bolko i kilkoma innymi drzewami - pomnikami przyrody.
W czasie drugiej wojny światowej w Hniszowie mieścił się posterunek niemieckiej straży granicznej, w listopadzie 1942 r. zaatakowany przez dwie drużyny Batalionów Chłopskich pod dow. Mariana Trendoty ps. Jan Pasek. Partyzanci uwolnili więźniów - członków BCh i zdobyli broń. W 1944 r. w wyniku pożaru spowodowanego przez Niemców spłonęły 42 domy.
